Compunham o conjunto dos clérigos seculares e regulares. Se o clero regular, com destaque para os Jesuítas, teve uma indiscutível atuação e importância desde o início da empresa da colonização, outras ordens também construíram fortes estruturas no Brasil colonial, como beneditinos, carmelitas e franciscanos (chegados no final do século XVI), e capuchinhos, mercedários, carmelitas descalços, oratorianos e agostinianos (chegados no início do XIX), esses últimos não tiveram tanta expressão quanto os anteriores. Todas as ordens dedicaram-se à conversão e educação religiosa do gentio e à mediação das relações entre os colonos portugueses e os Índios, porém os inacianos foram os primeiros a ter contato com os indígenas. Foram responsáveis pela criação dos primeiros Aldeamentos, defendendo o gentio nos conflitos com os colonos que desejavam usá-los como mão de obra escrava. Também se dedicaram à empresa da educação dos meninos indígenas e dos primeiros filhos de colonos nos colégios que fundaram ao longo do território colonial, tanto para ensino religioso quanto para aprender a ler e escrever, essa sendo indiscutivelmente a melhor forma de conversão. O crescimento do patrimônio de jesuítas e de outras ordens, sua grande influência na colônia junto às populações autóctones e do interior, aliados a uma busca de secularização do Império português empreendida pelo marquês de Pombal levou à expulsão dos inacianos de todo o reino e possessões ultramarinas em 1759 e o confisco de seus bens (e de outras ordens que puderam ficar). Entretanto, apesar da presença maior dos eclesiásticos regulares, foi o clero secular a pedra fundamental de toda a estrutura da Igreja Católica na colônia, muito em virtude da instituição do Padroado – direito concedido aos reis de Portugal (e depois do Brasil) de administrar e controlar os negócios religiosos no Ultramar. Até o século XVII, a colônia ainda tinha poucos membros do clero secular no território, esse tornando-se mais numeroso no século XVIII, sobretudo nas cidades ao longo do litoral, ficando o interior mais entregue aos regulares. Até meados do Setecentos a grande maioria dos padres já era de nascidos no Brasil, mas a formação ainda era deficiente, já que as únicas escolas que havia eram as jesuítas e de conventos regulares, e todo o território colonial só contava com quatro seminários episcopais, que passavam constantemente por dificuldades, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Pará e Pernambuco. A vacância de prelazias, paróquias, bispados era frequente assim como as irregularidades no preenchimento das vagas, e muitos que se ordenavam não tinham condições de exercer suas funções. Na prática, os clérigos seculares pouco se distinguiam dos leigos, já que muitos se dedicavam às atividades econômicas, viviam em concubinato e tinham filhos. A maioria dos clérigos era pobre, pois vivia de pequenas capelas e colocações. Esse baixo clero, que vivia no interior em situação de quase abandono pela Sé, buscava alternativas para aumentar seus rendimentos, alguns como professores, ou outras atividades até mesmo não lícitas. Outros membros que ocupavam melhores posições, como cabidos, bispados, paróquias maiores e nas cidades faziam parte de uma elite econômica e social, não somente por sua formação, mas pela posição que ocupavam materialmente, sendo donos de terrenos, Escravos e propriedades urbanas. O clero secular no Brasil era uma categoria muito diversificada, sem a disciplina que veio com a contrarreforma na Europa. Muitos tornaram-se mais representantes letrados do Estado do que propriamente da Igreja junto aos fiéis, em sua maioria analfabetos. A parcela mais instruída e melhor colocada era parte de uma elite cultural que participou ativamente das questões políticas do Brasil, como Colônia, até a Independência.