Os primeiros europeus a chegarem à região onde hoje se encontra o estado do Maranhão foram os espanhóis em 1500. A capitania originou-se a partir do sistema de capitanias hereditárias implantado por d. João III em 1534 e sua colonização coube ao tesoureiro e cronista português, João de Barros. No entanto, foram os franceses que realizaram a ocupação efetiva do território, iniciada em 1612, quando 500 deles, comandados por Daniel de la Touche, senhor de La Ravardière, chegaram em três navios e fundaram a França Equinocial diante das tentativas fracassadas de Portugal. Os franceses construíram na região o forte e vila de São Luís, batizados com este nome em homenagem ao seu rei Luís XIII, originando a cidade que se tornaria a capital do Maranhão. Seguiram-se lutas e tréguas entre portugueses e franceses até 1615, quando os primeiros retomaram definitivamente a colônia. Assim, em 1621, foi instituído o estado do Maranhão e Grão-Pará, com o objetivo de proteger a costa e facilitar os contatos diretamente com a metrópole, uma vez que as relações com a capital da colônia eram difíceis. Em 1641, os holandeses invadiram a região e ocuparam a ilha de São Luís. Três anos depois, foram expulsos pelos portugueses. Durante o século XVII, o Maranhão mostrou-se uma região relativamente lucrativa para o comércio internacional, dada a presença das chamadas drogas do sertão e de alguns produtos agrícolas, bastante valorizados para fins de exportação. Em 1751, devido ao florescimento econômico impulsionado pela produção de açúcar, algodão, tabaco e das drogas do sertão (sobretudo na capitania do Pará), o nome do Estado mudou para Grão-Pará e Maranhão, e intensificaram-se as disputas pela exploração e comércio, sobretudo das drogas, que culminaram na expulsão dos jesuítas, que controlavam estas atividades, em 1759. Em 1772, o Estado foi desmembrado em duas capitanias gerais e duas subalternas, Pará e Rio Negro, e Maranhão e Piauí. É importante ressaltar ainda que, embora Portugal visse seus estados na América como um conjunto, como uma grande colônia, esta visão não era compartilhada pelos colonos que moravam aqui, que não viam este todo, o Brasil, e não percebiam unidade na colônia. Dessa forma, a forte influência portuguesa no Maranhão fez com que o estado apoiasse a metrópole contra a independência do Brasil, e só viesse a aceitá-la após intervenção armada em 1823.