Por muito tempo considerado insalubre por médicos e sanitaristas o Rio de Janeiro foi objeto de fortes intervenções no espaço urbano e na vida social. Algumas iniciativas de ordenamento urbano e de grandes obras, como a construção do aqueduto, são mais nitidamente observadas a partir de 1763, quando a cidade se tornou sede do poder colonial. Mas é a partir da chegada da Corte que se dá uma ruptura. Logo em 1808, d. João nomeou Manoel Vieira da Silva físico-Mor do reino e encomendou-lhe uma memória sobre a situação de salubridade na Corte e as possíveis soluções para a melhoria das condições de saúde. Segundo sua interpretação, a situação higiênica de uma cidade era determinada por suas condições geográficas e climáticas em relação com os seres vivos. No caso da Corte, esta era considerada bastante ruim, em virtude da alta umidade, do calor forte e constante e da pouca circulação do ar, o que favorecia a proliferação de doenças, a putrefação de organismos e o enfraquecimento da saúde de seus habitantes. Entretanto, a seu ver, os maiores empecilhos à melhoria das condições de saúde do Rio de Janeiro não eram o clima ou o relevo, mas os pântanos ou as "águas estagnadas" que, em interação com o calor e substâncias em decomposição, eram o “principal lugar entre as causas de insalubridade de qualquer local” (SILVA, Manoel Vieira da. "Reflexões sobre alguns dos meios propostos por mais conducentes para melhorar o clima da cidade do Rio de Janeiro", p. 510. In: BARBOSA, Placido et REZENDE, Cassio (orgs.). Os serviços de saúde pública no Brasil especialmente na cidade do Rio de Janeiro de 1808 a 1907: esboço histórico e legislação. Rio de Janeiro: Imprensa Nacional, 1909, p. 507-517). Esses locais deveriam, segundo Vieira da Silva, ser aterrados pela Intendência de Polícia da Corte; os sepultamentos no interior de igrejas proibidos e os cemitérios nas áreas urbanas e populosas deslocados para os arredores. Outro aspecto importante era a ausência de controle da saúde nos portos. As pessoas que desembarcavam no Brasil – em grande número, então, depois da abertura dos portos às nações amigas – poderiam propagar epidemias, sobretudo os escravos que, transportados em péssimas condições de higiene nos navios negreiros [navios de escravatura], quando não chegavam mortos, frequentemente vinham gravemente doentes e debilitados. Para este problema, Vieira sugeria a construção de lazaretos para períodos de quarentena e a inspeção dos navios que aportassem no Brasil antes do desembarque. Por último, abordava problemas da conservação dos alimentos que, muitas vezes, eram vendidos já em decomposição, o que demandava maior fiscalização das condições sanitárias pela Inspetoria de Saúde, e a questão dos matadouros, que prejudicavam as condições de saúde e favoreciam a proliferação de moléstias.